食用菌菌糠是栽培各种菌类后剩下的废弃物，其内含有氨基酸、蛋白质及其他的营养物质，有“菌体蛋白”之称，还含有大量菌丝体。其主要基质有棉子壳、玉米芯、锯术屑及多种作物秸秆和工业废料。据估计，我国每年的菌糠年生产量已达500-600万吨，这是一笔丰富的可再利用的资源。

菌糠疏松透气，可在土壤中进一步分解成具有良好通气、蓄水能力的腐殖质，可增强土壤的透气性，避免土壤板结等现象。菌糠富含有机物和多种矿质元素，可改良土壤，增加土壤肥力，提高单位土壤面积的生产效益。

菌糠作为农肥，因其纤维素和木质素已被大量降解，且含有大量菌体蛋白，具有较小的碳氮比(低于20：1)，从而避免了食用菌培养料直接施用于农田出现的夺氮现象。

食用菌栽培袋采收三潮菇后，剩余的菌糠可作为一种酸性农家肥施用在盐碱地里，在提供肥力的同时还可改良土壤的碱性。所以菌糠作肥料直接用于农作物、蔬菜生产不仅可提高产量，而且生产的农产品为无公害产品。